Sistemi analiz ederek sisteme sonradan eklenen tüm zararlı yazılımları bulur, tabii yararlı yazılımları da. Size kalan zararları seçip, temizletmek. Bunu da yapmanın kolay yolu var, hijackthis yazılımının verdiği log dosyasını anasayfasına giderek yapıştırıp analiz ettirmek ve hangi uygulamaların zararlı olduğu öğrenmek ve buna göre hareket etmek. Konfigürasyon bölümünde çalışan uygulamalar ile ilgili birçok detayı bulmak ve yönetmek de mümkün.
